La empresa municipal de transporte cuenta con un Sistema Integrado de Gestión (SIG) que rige sus procedimientos e instrucciones de trabajo, según los requisitos de las normas europeas de referencia: ISO 9001, para la gestión de la calidad; ISO 14001, para la gestión medioambiental; e ISO 45001, para la gestión de la seguridad y salud en el trabajo. El SIG de Guaguas Municipales cuenta con 18 procedimientos de calidad, siete operativos y cinco orientados a clientes, para el correcto desarrollo de las tareas que se desempeñan en la empresa.
En materia de calidad, la compañía municipal de transporte cuenta desde el año 2002 con la certificación ISO 9001, una norma internacional que se basa en un proceso de mejora continua para el aseguramiento de la calidad del servicio que presta a sus viajeros. Con este certificado, la compañía se compromete a contribuir a la mejora de la movilidad en la ciudad midiendo los efectos ocasionados por su actividad para prevenir la contaminación y eliminar o reducir las emisiones, mediante la definición anual de objetivos alcanzables y medibles. La certificación ISO 45001, a la que la empresa tuvo acceso en 2018, vela por la seguridad y salud de los profesionales en sus puestos de trabajo.
